Nasceu em 1902 em Luméville-en-Ornois, no departamento de Meuse, no Nordeste da França. Seu pai era professor de matemática em uma cidade próxima. Em 1908, seu pai arranjou um trabalho de professor em Paris e a família se mudou para lá. Em 1920, Braudel entra na Sorbonne como estudante de História. Em 1923, Braudel começou a lecionar história na Argélia.

Em 1932, Braudel deixou a Argélia para um cargo de professor no liceu de Paris. Tinha então iniciado a pesquisa de seu doutorado no Mediterrâneo quando caiu sob a influência da escola dos Annales por volta de 1938. Nessa época, ingressou na École Pratique des Hautes Etudes (EPHE) como docente de História.

Com a eclosão da Segunda Guerra Mundial em 1939, foi convocado para o serviço militar, e posteriormente foi feito prisioneiro em 1940 pelos alemães. Enquanto prisioneiro de guerra em um campo perto de Lübeck, na Alemanha, Braudel elaborou o seu trabalho "La Méditerranée et le Monde Méditerranéen à l'époque de Philippe II" ("O Mediterrâneo e o Mundo Mediterrâneo na Época de Filipe II"), sem acesso a seus livros ou notas, baseando-se apenas em sua prodigiosa memória e numa biblioteca local, mandando seus manuscritos para que sua esposa, Paule, e equipe corrigissem e fizessem melhorias.

Braudel tornou-se o líder da segunda geração de historiadores dos Annales após 1945. Em 1947, com Lucien Febvre e Charles Morazé, fundou a prestigiosa Sixième Section, para "Economia e Ciências Sociais" na "École pratique des hautes études". Em 1962 ele e Gaston Berger criaram a "Fondation Maison des Sciences de l'Homme" (FMSH), que Braudel dirigiu a partir de 1970 até à sua morte. A FMSH focou as suas atividades para disseminar a abordagem dos Annales à Europa e ao mundo.

Uma característica do trabalho de Braudel era sua compaixão para com o sofrimento dos povos marginalizados. Ele observou que muitas das fontes históricas sobreviventes provinham das classes ricas alfabetizadas. Enfatizou a importância da vida efêmera dos escravos, servos, camponeses e dos pobres urbanos, demonstrando a sua contribuição para a riqueza e o poder dos seus respectivos senhores e das sociedades. O seu trabalho foi muitas vezes ilustrado com representações contemporâneas da vida cotidiana, e raramente com imagens de nobres ou reis.


Braudel e a Universidade de São Paulo

No início do século XX, São Paulo, embora rico por conta das exportações de café, ainda não tinha uma universidade. Em 1934, por decisão e sugestão dos intelectuais que se reuniam todas as noites na redação do jornal O Estado de S. Paulo, liderados pelo jornalista Júlio de Mesquita Filho, o então governador do Estado de São Paulo, Armando de Salles Oliveira, decidiu criar a Universidade de São Paulo, como universidade pública, laica e gratuita. Enviou à Europa o professor Teodoro Ramos, da já existente Escola Politécnica de São Paulo, para recrutamento de professores e pesquisadores das várias áreas do conhecimento. Dentre os convidados, na França, jovens professores como o antropólogo Claude Lévi-Strauss, o historiador Fernand Braudel, o sociólogo Roger Bastide e o geógrafo Pierre Deffontaines. A passagem de Fernand Braudel pela Universidade de São Paulo, entre 1935 e 1937 e, novamente, em 1947 marcou toda uma geração de historiadores iniciantes, formados na subseção de Geografia e História da Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras.